Соловецкий летописец сообщает, что на братском кладбище за кремлем для совершения отпеваний умерших монахов и соловецких трудников была поставлена деревянная церковь во имя Онуфрия Великого (1666 г.). Это была «деревянная шатровая, крытая в два теса, с главкой, покрытой лемехом, и крестом деревянным с цепями» церковь. Храм был освящен в первое воскресенье после празднования памяти преподобного Онуфрия (16.06.1667 г.) всего за год до начала «соловецкого сидения». Через сто лет храм обветшал, и соловецкие монахи обратились в Священный синод за разрешением на постройку каменного храма. Разрешение было получено (1785 г.) и храм был возведен (1822 г.).
За год до окончания строительства старая деревянная церковь была разобрана (1821 г.), причем строительные элементы были бережно складированы. После возведения каменной дамбы между островами Большая и Малая Муксалма, на Большой Муксалме была поставлена часовня с использованием бревен старого Онуфриевского храма (1829 г.). Новую "старую" часовню освятили в память святого мученика Власия - покровителя домашнего скота, но приблизительно через двадцать лет переименовали в честь Рождества Христова. Когда на острове Большая Муксалма появилась новая каменная церковь во имя преподобного Сергия Радонежского (1876 г.), деревянная часовня была перенесена на остров Малая Муксалма. Это деревянное сооружение находится там и сейчас. Часовня, сейчас скорее похожая на избу, служит для хозяйственных целей - является жильем для промысловиков в сезон добычи водорослей и для приюта странников.
После закрытия монастыря Онуфриевский храм стал единственным, в котором велись службы. И именно в нем в 1926 году прошло единственное официально разрешенное в Соловецком лагере особого назначения пасхальное богослужение. В 1931 году храм был закрыт, в 1940 году — снесен.
Специалистами собраны материалы, необходимые для разработки проекта воссоздания церкви. На площадке разрушенного храма также велись работы специалистами-геофизиками из Института физики Земли РАН, во время которых была адаптирована методика лучевой сейсмической томографии для обследования фундаментов.